突如出現した巨人により滅亡の淵に立たされ、生き残った人類は、三重に築かれた「ウォール・マリア」、「ウォール・ローゼ」、「ウォール・シーナ」という巨大な城壁の内側に生活圏を確保することで、辛うじてその命脈を保っていた。そして約100年後。シガンシナに超大型巨人出現。侵攻が始まった。