異星人犯罪者を秘密裏に駆除する特殊部隊。その存在はフィクションとして、市民からは実在を否定されていた。2015年初夏。日常に物足りなさを感じていた女子高生、一ノ瀬はじめは、突如目の前に現れたJ・J・ロビンソンより謎の手帳『NOTE』を授かり、フィクションであるはずの戦士となる使命を受ける。